Thời kỳ đầu, tông nghĩa của Độc Tử bộ hầu hết tương đồng với Nhất thiết hữu bộ qua Phát trí luận, chỉ với một số khác biệt đáng chú ý [5] .

Trong thời kỳ 18 bộ phái, khoảng 100 năm sau khi Độc Tử bộ hình thành, do cách giải thích khác biệt[11] trong “Phát trí luận” [12], bộ phái này đã phân thành 4 nhánh:

• Pháp Thượng bộ
• Hiền Trụ bộ
• Chính lượng bộ
• Mật Lâm sơn bộ (còn gọi là Lục thành bộ trong Phật giáo Nam truyền)

Trong đó, Chính lượng bộ phát triển nhất, dần thay thế địa vị ban đầu của Độc Tử bộ. Phần "Y thuyết luận" trong tài liệu Tam-di-để-bộ luận (Samityasastra) là chuyên luận duy nhất còn sót lại mô tả tích cực học thuyết của dòng truyền thừa Độc Tử trong thời kỳ 18 bộ phái. Tài liệu Tam pháp độ luận được xem là một luận thư giải thích kinh Phật theo quan điểm của Độc Tử bộ, hơi thiên về tín ngưỡng Đại thừa.